mooonpy.molspace package

Subpackages

• mooonpy.molspace.graph_theory package
  • Submodules
    • mooonpy.molspace.graph_theory.interface module
      • find_cumulative_neighs()
      • generate_graph()
    • mooonpy.molspace.graph_theory.ring_analysis module
      • find_rings()
      • ring_canonical()

Submodules

• mooonpy.molspace.atom_styles module
  • Styles
    • Styles.atom_factory()
    • Styles.atom_fill()
    • Styles.atom_line()
    • Styles.defaults
    • Styles.func_aliases
    • Styles.line_charge()
    • Styles.line_full()
    • Styles.read_charge()
    • Styles.read_full()
    • Styles.styles
    • Styles.update_astyles()
• mooonpy.molspace.atoms module
  • Atoms
    • Atoms.copy()
    • Atoms.shift()
    • Atoms.wrap()
• mooonpy.molspace.bonds_from_distances module
  • find()
• mooonpy.molspace.box module
  • Box
    • Box.frac2pos()
    • Box.get_lengths()
    • Box.get_transformation_matrix()
    • Box.pos2frac()
• mooonpy.molspace.clusters module
  • Cluster
    • Cluster.composition
    • Cluster.mass
    • Cluster.members
  • Clusters
    • Clusters.assign_clusters()
    • Clusters.compute_clusters()
    • Clusters.compute_info()
    • Clusters.dict()
    • Clusters.mass_dict()
  • first_neighbor()
• mooonpy.molspace.distance module
  • ADI_from_bonds()
  • BADI_by_type()
  • Domain
  • Pair
  • Pairs
    • Pairs.filter_cutoff()
    • Pairs.update_bonds()
  • domain_decomp_13()
  • pairs_from_bonds()
  • pairs_from_domains()
• mooonpy.molspace.doc_examples module
  • MainClass1
    • MainClass1.function1()
  • add()
  • butter()
  • divide()
  • latex()
  • multiply()
  • subtract()
  • useful_docstring()
• mooonpy.molspace.force_field module
  • Coefficients
  • ForceField
    • ForceField.coeffs_factory()
    • ForceField.get_per_line_styles()
  • Parameters
• mooonpy.molspace.molspace module
  • Molspace
    • Molspace.add_type_labels()
    • Molspace.bonds_from_distances()
    • Molspace.compute_ADI()
    • Molspace.compute_BADI_by_type()
    • Molspace.compute_bond_length()
    • Molspace.compute_pairs()
    • Molspace.copy()
    • Molspace.find_cumulative_neighs()
    • Molspace.find_rings()
    • Molspace.generate_graph()
    • Molspace.read_files()
    • Molspace.remove_atoms()
    • Molspace.update_elements()
    • Molspace.write_files()
• mooonpy.molspace.periodic_table module
  • Element
  • Elements
    • Elements.element2mass()
    • Elements.element2radii()
    • Elements.mass2element()
• mooonpy.molspace.reaxff module
  • ReaxFF
    • ReaxFF.BO_average()
    • ReaxFF.pair_bo_prime()
    • ReaxFF.read()
    • ReaxFF.sort_ele()
• mooonpy.molspace.rings module
  • Ring
    • Ring.get_CoM()
    • Ring.get_centroid()
    • Ring.reset_ring_image()
  • get_rings()
• mooonpy.molspace.topology module
  • Angles
    • Angles.angle_factory()
    • Angles.id_get()
    • Angles.id_set()
    • Angles.key_rule()
  • Bonds
    • Bonds.bond_factory()
    • Bonds.id_get()
    • Bonds.id_set()
    • Bonds.key_rule()
  • Dihedrals
    • Dihedrals.dihedral_factory()
    • Dihedrals.id_get()
    • Dihedrals.id_set()
    • Dihedrals.key_rule()
  • Impropers
    • Impropers.id_get()
    • Impropers.id_set()
    • Impropers.improper_factory()
    • Impropers.key_rule()